Sprawdzenie czy inne polecenie jest aktywne można zrobić sprawdzając zmienną systemową
CMDNAMES
Wydaje się, że jej przerwanie to większa trudność. Pewnie można spróbować wysłać ENTER
rys.SendStringToExecute("\n", true, false, false);
Ale może bardziej odpowiednie będzie ESC czyli ^c^c.
Nie próbowałem tego ale tak na szybko znalazłem że taka składnia powinna być OK,
rys.SendStringToExecute("\u001b\u001b\n", false, false, true);